Лимонная кислота была впервые выделена в 1784 году шведским химиком Карлом Вильгельмом Шееле из лимонного сока.
В 1890 году итальянская промышленность начала производство лимонной кислоты из цитрусовых.
В 1917 году американский химик Джеймс Керри открыл метод ферментационного производства из сахара с использованием гриба Aspergillus niger, что сделало производство массовым и экономичным.
Сегодня около 99% мировой лимонной кислоты производится микробиологическим методом.